机战王2的剧情是:在《机战王》第一部中,龙博士为了挽救濒临破产的科学研究所,以及为了拯救被机器人绑架走的女儿龙华丽,决定进行生化人实验。结果却导致研究所内发生大爆炸,自己也受到波及而失去记忆。但在第二部中,龙博士因为与其他研究员不和,于是离开了研究所,并且创立了新公司“天翔龙”。可是,龙博士却在飞往太空途中遭遇意外,幸好被天翔龙公司的新型号救回地球,由此展开了龙博士和天翔龙公司的争斗…
第三部就是最后的机战王之终极任务,也叫机战王3。